Realizované projekty (výběr)​:
přestavba Červeného Hrádku u Sedlčan (1894-1896)
hrobka rodiny Mladotů ze Solopisk, Kosova Hora (1898)
Peterkův dům na Václavském náměstí 777/12 v Praze (1899–1900), spolupráce V. Thierhier
instalace výstavy Umelěckoprůmyslové školy, Světová výstava 1900, Paříž, (1900) – Kotěra dokončil práci započatou Friedrichem Ohmannem. Za tuto práci obdržel stříbrnou medaili.
scéna pro operu Rusalka, Národní divadlo (1901–1902)
hrobka rodiny Mildovy, Vyšehrad (1901) – spolupráce Stanislav Sucharda
Elbogenova hrobka, Nový židovský hřbitov, Praha (1901–1902)
Robitschkova hrobka, Nový židovský hřbitov, Praha (1902)
hrobka Egona Heinricha Perutze, Nový židovský hřbitov, Praha (1902)
vila Jana Herbena, Hostišov čp. 11 (1902)
pavilon SVU Mánes v Praze, pod Kinského zahradou (1902), zničeno
instalace výstavy Augusta Rodina v pavilonu SVU Mánes (1902), sám Rodin ocenil ve svém dopisu kvality pavilonu i vlastní Kotěrovy instalace
Fröhlichova vila, Černošice, čp. 316, Janského ulice (1902–1903)
přestavba Máchovy vily, Bechyně, čp. 188, Libušina ulice (1902–1903)
Trmalova vila, Praha 10-Strašnice, čp. 91, Vilová 11, (1902–1903)
hrobka Jakuba Vojty Slukova, Olšanské hřbitovy, Praha (1903)
hotel Okresní dům, Hradec Králové, čp. 409, Palackého ulice
expozice českého umění, světová výstava, St. Louis (1903)
dům Stanislava Suchardy s ateliérem, Praha 6 – Bubeneč, čp. 248, Slavíčkova 6 (1904–1907)
vila JUDr. Ferdinanda Tondera, Sankt Gilgen, Rakousko (1905–1906)
Národní dům, Prostějov, čp. 218, Vojáčkovo náměstí, náměstí Františka Hlaváčka 1, 2 (1905–1907)
Vršovická vodárna v Praze-Michli, čp. 365, Baarova 5 (1906–1907)
Městské muzeum, Eliščino nábřeží 465, Hradec Králové (1906–1913)
Krausova vila, Sibiřské náměstí 5, čp. 208, Praha 6 – Bubeneč (1907)
Götzova vila, Chrustenice 52 (1907–1908)
pracovna primátora královského hlavního města Prahy, Staroměstská radnice, Praha 1 – Staré Město, plastická výzdoba: Stanislav Sucharda (1907–1909)
pavilon obchodu a průmyslu, Jubilejní výstava Obchodní a živnostenské komory, Praha (1908) – spolupráce: Josef Gočár, Pavel Janák, zničeno
pavilon odborného školství, Jubilejní výstava Obchodní a živnostenské komory, Praha (1908) – spolupráce: K. Göttlich, zničeno
Kotěrova vila, Praha 10 – Vinohrady, čp. 1542, Hradešínská 6 (1908–1909)
vila Emila Kratochvíla, Černošice, Karlštejnská ulice 282, (1908–1910)
Laichterův dům, Praha 2 – Vinohrady, čp. 1543, Chopinova 4 (1909) – dům nakladatele Jana Laichtera
Baťova vila, Zlín, čp. 292, Gahurova ul. (1909–1911)
banka Slavia v Sarajevu (1911–1912)
Urbánkův obchodní dům Mozarteum, Praha 1 – Nové Město, čp. 748, Jungmannova 30 (1911–1913)
Budova Všeobecného penzijního ústavu, Praha 2 – Nové Město, čp. 390, Rašínovo nábřeží 42 (1912–1914) – spoluautor Josef Zasche, Zadavatel – česko-německý Všeobecný penzijní ústav – rozdělil zakázku mezi Němce Josefa Zascheho, který je autorem půdorysného a konstrukčního řešení a Čecha Jana Kotěru, který je autorem průčelí a výzdoby interiérů
Nový zámek továrníka Bernarda Mandelíka, Ratboř, čp. 40 (1911)[10] – stavba pro majitele ratbořského cukrovaru
přestavba Starého zámku továrníka Bernarda Mandelíka, Ratboř, čp. 1 (1912–1925)
Lembergr-Gombrichův palác ve Vídni (1913–1914)
Vila rodiny Vanických v Kostelci nad Orlicí (1927)